Второй этап проекта ВСТО предусмотривает строительство магистрального нефтепровода на участке г.Сковородино — СМНП «Козьмино» (ВСТО-2) и соответствующее увеличение мощности построенного участка г.Тайшет — г. Сковородино до 50 млн. тонн нефти в год (расширение ВСТО-1). Реализация проекта ВСТО-2 осуществляется на основании «Сетевого графика», утвержденного Минэнерго России 04.03.2010 г.
Мощность ВСТО-2 составит 50 млн.тонн с выделением первой очереди мощностью 30 млн.тонн нефти в год. В рамках первой очереди ВСТО-2 выполняется строительство нефтепровода общей протяженностью 2046 км по маршруту г.Сковородино (Амурская область) — г.Благовещенск — г.Биробиджан (Еврейская автономная область) — г.Хабаровск (Хабаровский край) — СМНП «Козьмино» (Приморский край), 8 НПС, расширение НПС «Сковородино», а также расширение СМНП «Козьмино».
В сентябре 2011 года в Приморском крае был сварен завершающий стык линейной части второй очереди трубопроводной системы ВСТО.
По итогам 3 квартала 2012 года завершено строительство линейной части магистрального нефтепровода, строительная готовность НПС составила 99%. Ввод ВСТО -2 в эксплуатацию предусмотрен в 4 квартале 2012 года.